控制系统是包装自动生产线的重要组成部分，它的作用在于对整个自动工作循环进行控制和协调，包括使各种包装运动按一定顺序进行；必要的压力、温度、时间、速度的调节及其控制；各种质量检测，自动安全保护，自动计量、计数的实现；物料的供停，故障的自动报警等控制。

        药品包装生产线通常要完成以下操作：零散药品→铝塑泡罩包装→药板、药品说明书→装盒→小盒药品→自动均衡重组→热收缩膜包装→中包药品→称重检验→条形码扫描检验→装箱进料输送→中包自动装箱→封箱→纸箱条码扫描→纸箱捆扎→整箱药品，同时还要保证整个传动系统的流畅。

       参照下图，若第一条控制链上l代表药品计量操作控制，3代表传动控制。第二条控制链上2代表说明书进给操作控制。第三条控制链上1代表包装材料小纸盒的进给控制，最后一条链上1代表纸箱的进给操作控制。m代表包装动作的执行控制，再经过贴标签，最后输出成品，完成整个包装过程。